choix Test ADN ?

[akakusflower]

Bonjour,

J'ai appris par mes tantes que mon grand-père paternel serait d'origine italienne. Or, mon père, qui est décédé, ne m'en a jamais parlé. Mon père est né de père inconnu donc je n'ai absolument aucune information sur ce grand-père. Je cherche à savoir, si j'effectue un test ADN, si je pourrais éventuellement retrouver de la famille de ce grand-père? Une de me nièces a fait le test ADN est il en ressort qu'elle a 35% d'origine italienne, ce qui confirmerait donc les dires de mes tantes.
En vous remerciant par avance de m'éclairer sur les tests ADN
Frédérique Kretzmeyer Zaltani

[ffoucart]

Bonjour,

Effectivement, vous pourriez retrouver des cousins par le biais d'une analyse génétique et d'une comparaison de votre génomes avec ceux figurant dans des bases.

Mais cela ne concerne l'origine ethnique. Ce n'est pas parceque votre nièce a 35% d'Italien dans un calculateur d'origine que c'est le cas. Il s'agit d'une proximité avec des italiens figurant dans la base, mais cela n'implique pas nécessairement une origine.

En tout état de cause, si votre grand père inconnu a des parents plus ou moins proches qui figurent dans la base de correspondances, vous serez dans la capacité de les trouver.

Le problème est souvent de faire le tri.

En tout cas, effectivement un test ADN autosomal peut être utile pour retrouver la famille de ce grand père, qu'il ait été italien ou pas.

Mais il vous faudra faire votre arbre généalogique pour vérifier que les correspondances viennent bien de ce côté inconnu.

Bien cordialement,

[akakusflower]

Merci pour votre réponse rapide et pouvez vous me conseiller un test ADN fiable?
Cordialement

[eikvarnier]

Bonjour,

Savez vous si il s'agit d'un nord-Italien ou d'un Italien du sud ?
Vos chances de trouver ne seront pas les mêmes, le sud de l'Italie a une meilleure couverture en test ADN que le nord (qui est sensiblement dans la même situation que la France et l'Espagne avec peu de test).

Une de vos nièce a fait un test, auprès de quelle compagnie ? A t-elle des matchs ADN en Italie ?
Votre ADN sera plus intéressant puisqu'une génération plus haute que votre nièce.
A la limite passer par une autre compagnie que votre nièce vous donnerait accès à une autre base de donnée et donc permettra de "ratisser" plus large.

Une de me nièces a fait le test ADN est il en ressort qu'elle a 35% d'origine italienne

Votre grand-père, donc l'arrière grand-père de votre nièce, contribue pour ~12.5% de son ADN.
Les "admixtures" obtenues par certaines compagnies peuvent être douteuses.
Si votre nièces a un mélange Franco-Italo-Anglo-Germano-Scandinave ... vous pouvez considérer que le résultats est peu pertinent.
Et la pertinence de ce 35% dépend fortement de la compagnie qui le fournie.

Les Alpes forment une barrière géographique assez efficace et les Italiens du nord sont tout même assez différents des Français du sud-est. Donc, une analyse propre peut réellement faire ressortir une origine Italienne.
Ce n'est pas comme essayer de séparer un Allemand du sud et un Français de l'est ...
Pour des "admixtures" crédibles, je vous conseillerais 23andMe.

pouvez vous me conseiller un test ADN fiable?

Voici un comparatif des différents test ADN:
https://fr.dnaweekly.com/blog/les-meilleurs-kits-dascendance-adn/
Vous pouvez trouvez d'autres comparaisons sur google.

Gardez à l'esprit que certaines compagnies permettent d'importer des kits réalisés chez d'autres compagnies, si votre but est de toucher de grands échantillons de personnes, mieux vos passer par une compagnie qui ne vous permet d'importer des données venant d'ailleurs pour ensuite importer vos données sur d'autres sites et maximiser vos chances de matchs.

Amicalement,
E.

[ffoucart]

En d’autres termes, si vous voulez un test global au meilleur rapport qualité/prix, pour l’importer ailleurs, 23andme et transfert du fichier sur MyHeritage et Geneanet.

[swtrvng]

Bonjour,

En d’autres termes, si vous voulez un test global au meilleur rapport qualité/prix, pour l’importer ailleurs, 23andme et transfert du fichier sur MyHeritage et Geneanet.

C'est vrai que cela passe pour être une bonne solution, juste un petit bemol tout de même, on passe à côté d'un grand nombre de correspondances valables.
J'ai fait les 2 tests et je peux vous assurer qu'il y a beaucoup de fausses correspondances avec 23&Me transféré sur Myhéritage et beaucoup qui ne sont pas presents mais qui apparaissent avec le test myheritage.
En clair, on ne compare pas des torchons avec des serviettes.
Bien entendu, je ne dis pas que l'un est meilleur que l'autre. C'est juste une expression.
Peit être que d'autres personnes ont fait pareil que moi et ont des résultats différents ?
Je suis intéressé par vos avis.
Bien cordialement
Éric Delamare

[jerome4]

Bonjour,

En d’autres termes, si vous voulez un test global au meilleur rapport qualité/prix, pour l’importer ailleurs, 23andme et transfert du fichier sur MyHeritage et Geneanet.

C'est vrai que cela passe pour être une bonne solution, juste un petit bemol tout de même, on passe à côté d'un grand nombre de correspondances valables.
J'ai fait les 2 tests et je peux vous assurer qu'il y a beaucoup de fausses correspondances avec 23&Me transféré sur Myhéritage et beaucoup qui ne sont pas presents mais qui apparaissent avec le test myheritage.
En clair, on ne compare pas des torchons avec des serviettes.
Bien entendu, je ne dis pas que l'un est meilleur que l'autre. C'est juste une expression.
Peit être que d'autres personnes ont fait pareil que moi et ont des résultats différents ?
Je suis intéressé par vos avis.
Bien cordialement
Éric Delamare

C'est vrai, mais normalement la version 5 (la dernière) de 23andMe est plus compatible avec Myheritage que la version 3.

Comme Myheritage pratique l'imputation à grande échelle, cela doit avoir des résultats désastreux lorsqu'il y a peu de marqueurs testés en commun... C'est à dire des faux segments pris pour des bons, et des bons segments pas reconnus.


J'avais transféré la version 3 de 23andMe sur Myheritage.
Ce matin, j'ai transféré la version 5.
Je verrai si je vois des différences notoires dans mes correspondances.

[ffoucart]

Bonjour,

Ma compagne a fait les 2, avec import de le V3 sur MyHeritage. Je vais regarder s'il y a une grande différence entre les deux.

2221 correspondances avec le kit 23andme et 2087 avec le kit maison.

Des variations dès la 2ème page (mais avec des segments max petits), par % d'ADN partagé.

Par segments les plus longs, peu de différences entre les deux kits sur les premières pages.

Je n'ai pas regardé par rapport aux segments triangulés.

Bien cordialement,

PS: l'avantage de 23andme est d'incorporer de manière assez détaillée le chromosome X, le chromosome Y et l'ADN mitochondrial, ce que fait MyHeritage de manière moins complète (et qu'il n'affiche pas).

[swtrvng]

C'est vrai, mais normalement la version 5 (la dernière) de 23andMe est plus compatible avec Myheritage que la version 3.

Comme Myheritage pratique l'imputation à grande échelle, cela doit avoir des résultats désastreux lorsqu'il y a peu de marqueurs testés en commun... C'est à dire des faux segments pris pour des bons, et des bons segments pas reconnus.


J'avais transféré la version 3 de 23andMe sur Myheritage.
Ce matin, j'ai transféré la version 5.
Je verrai si je vois des différences notoires dans mes correspondances.

Bonjour,
J'ai transféré la V5 de 23&Me...
Celui de mon fils aussi (V5).

Merci pour votre retour.
Bien cordialement
Eric Delamare

[swtrvng]

PS: l'avantage de 23andme est d'incorporer de manière assez détaillée le chromosome X, le chromosome Y et l'ADN mitochondrial, ce que fait MyHeritage de manière moins complète (et qu'il n'affiche pas).

Bonjour,
Je n'ai pas de débat avec cela et je suis entièrement d'accord avec vous.
Là où j'ai un souci, c'est le transfert de 23&Me ---> Myheritage.
Le nombre de fausses correspondances et le nombre de correspondances qui n'apparaissent pas sont importantes, voir on peut passer à coté de grandes correspondances. Mais peut être que c'est uniquement moi, d'où la question.

Bien cordialement
Eric Delamare

[ffoucart]

A côté de "grandes correspondances", je ne crois pas. D'après ce que je vois, ce n'est pas le cas.

De toutes façons, le problème avec MyHeritage, est plus les fausses correspondances suite à leur mode de calcul (cf ce que dit Jérôme). Notamment par la prise en compte des centromères ou télomères.

Bien cordialement,

[jerome4]

Bonjour,

En d’autres termes, si vous voulez un test global au meilleur rapport qualité/prix, pour l’importer ailleurs, 23andme et transfert du fichier sur MyHeritage et Geneanet.

C'est vrai que cela passe pour être une bonne solution, juste un petit bemol tout de même, on passe à côté d'un grand nombre de correspondances valables.
J'ai fait les 2 tests et je peux vous assurer qu'il y a beaucoup de fausses correspondances avec 23&Me transféré sur Myhéritage et beaucoup qui ne sont pas presents mais qui apparaissent avec le test myheritage.
En clair, on ne compare pas des torchons avec des serviettes.
Bien entendu, je ne dis pas que l'un est meilleur que l'autre. C'est juste une expression.
Peit être que d'autres personnes ont fait pareil que moi et ont des résultats différents ?
Je suis intéressé par vos avis.
Bien cordialement
Éric Delamare

C'est vrai, mais normalement la version 5 (la dernière) de 23andMe est plus compatible avec Myheritage que la version 3.

Comme Myheritage pratique l'imputation à grande échelle, cela doit avoir des résultats désastreux lorsqu'il y a peu de marqueurs testés en commun... C'est à dire des faux segments pris pour des bons, et des bons segments pas reconnus.


J'avais transféré la version 3 de 23andMe sur Myheritage.
Ce matin, j'ai transféré la version 5.
Je verrai si je vois des différences notoires dans mes correspondances.

Donc, j'ai pu comparer les deux... J'espérais mieux avec la version 5, et j'ai l'impression que c'est même pire car de véritables cousinages trouvés par la généalogie n'y se trouvent plus. En contre partie ,j'ai pu récupéré quelques cousinages sans doute réels, mais j'espérais moins de incohérence avec les correspondances de mes parents. Ce qui ne semble pas être le cas!

La différence entre les deux est quand même énorme dans l'ensemble.

J'ai comparé les deux fichiers des correspondances (pas le détails des segments).
Avec ma version V3 de 23andMe, j'avais 3113 matchs.
Sur les 3113, seuls 1620 sont présents dans ma version V5. Et donc 1493 matchs ont disparus dont 98 qui avaient plus de 20 cM (total par correspondance)

Avec ma version V5 de 23andMe, j'ai 2487 matchs, dont 1620 en commun avec la version3 et donc 867 nouvelles correspondances.
39 nouveautés avec plus de 20 cM au total.

[eikvarnier]

Bonjour,

J'ai comparé les deux fichiers des correspondances (pas le détails des segments).
Avec ma version V3 de 23andMe, j'avais 3113 matchs.
Sur les 3113, seuls 1620 sont présents dans ma version V5. Et donc 1493 matchs ont disparus dont 98 qui avaient plus de 20 cM (total par correspondance)

Avec ma version V5 de 23andMe, j'ai 2487 matchs, dont 1620 en commun avec la version3 et donc 867 nouvelles correspondances.
39 nouveautés avec plus de 20 cM au total.

L'idéal serait surement de "fusionner" les deux fichiers V3 et V5 en combinant l'intégralité des SNP couverts.
Un tel fichier serait naturellement plus performant et permettrait d'éliminer du bruit.

Simple idée en passant, les matchs qui disparaissent, leur kit vient de chez 23andMe (V3 ou V5 ?) ou de chez MyHeritage ?
Si ils étaient chez 23andMe V3, on peut légitimement penser que passer en V5 te fait perdre en qualité de match avec eux par rapport à ton ancienne V3.

Pour une personne souhaitant maximiser ses matchs, l'optimal serait surement de faire un WGS (les prix tendent à diminuer sérieusement), puis d'extraire dans un fichier plus petit les SNPs couverts par les principales compagnies de généalogie génétique pour créer un "Pseudo-kit" avec un overlap total que ce soit avec 23andMe, MyHeritage, ... ou autre.
Problème, à défaut d'outils en ligne qui le font, il faut avoir un minimum de compétences en programmation pour le faire soit même.

Autre chose, un chiffre intéressant serait de savoir si sur les SNPs en overlap entre la V3 et la V5 il y a des call qui ne donnent pas la même chose (pour estimer la précision des call).

Après, que certains matchs "réel" disparaissent/apparaissent en fonction des SNPs en overlap utilisés, ce n'est pas surprenant ça montre que ces matchs réels ou pas sont actuellement proche du seuil de bruit de la comparaison.
Au vu des chiffres que tu communiques, on peut penser que même 20cM lors d'un cross MyHéritage vs 23andMe est significativement bruité

La réduction du nombre total de match 3000 --> 2400 me laisse penser que la comparaison V5-MyHeritage est en effet moins bruitée par rapport à la comparaison V3-MyHeritage ...

Amicalement,
E.

[jerome4]

Bonjour,

J'ai comparé les deux fichiers des correspondances (pas le détails des segments).
Avec ma version V3 de 23andMe, j'avais 3113 matchs.
Sur les 3113, seuls 1620 sont présents dans ma version V5. Et donc 1493 matchs ont disparus dont 98 qui avaient plus de 20 cM (total par correspondance)

Avec ma version V5 de 23andMe, j'ai 2487 matchs, dont 1620 en commun avec la version3 et donc 867 nouvelles correspondances.
39 nouveautés avec plus de 20 cM au total.

L'idéal serait surement de "fusionner" les deux fichiers V3 et V5 en combinant l'intégralité des SNP couverts.
Un tel fichier serait naturellement plus performant et permettrait d'éliminer du bruit.

Comme je suis passé de la V3 à la V5, lorsque je veux télécharger mon fichier de 23andMe, j'ai un fichier fusionnant les deux.
Malheureusement, Myheritage ne reconnait pas cette version et ne l'accepte pas.
J'ai donc été obligé d'extraire de mon fichier 23andMe que les marqueurs de la V5, et là, Myheritage reconnait la version et l'accepte.

Simple idée en passant, les matchs qui disparaissent, leur kit vient de chez 23andMe (V3 ou V5 ?) ou de chez MyHeritage ?
Si ils étaient chez 23andMe V3, on peut légitimement penser que passer en V5 te fait perdre en qualité de match avec eux par rapport à ton ancienne V3.

Je ne peux pas vraiment savoir, mais je pense que l'immense majorité (surtout les français) ont testé sur Myheritage.

Pour une personne souhaitant maximiser ses matchs, l'optimal serait surement de faire un WGS (les prix tendent à diminuer sérieusement), puis d'extraire dans un fichier plus petit les SNPs couverts par les principales compagnies de généalogie génétique pour créer un "Pseudo-kit" avec un overlap total que ce soit avec 23andMe, MyHeritage, ... ou autre.
Problème, à défaut d'outils en ligne qui le font, il faut avoir un minimum de compétences en programmation pour le faire soit même.

Malheureusement, Myheritage n'acceptera jamais ce fichier.

Après, que certains matchs "réel" disparaissent/apparaissent en fonction des SNPs en overlap utilisés, ce n'est pas surprenant ça montre que ces matchs réels ou pas sont actuellement proche du seuil de bruit de la comparaison.
Au vu des chiffres que tu communiques, on peut penser que même 20cM lors d'un cross MyHéritage vs 23andMe est significativement bruité

Je suis presque sûr que sur Geneanet, je n'aurais pas autant de différence.
Geneanet ne fait pas d'imputation, et je crois aussi, pas de phasage statistique.

Mais il serait intéressant de faire le test sur Geneanet pour confirmer tout ça!

La réduction du nombre total de match 3000 --> 2400 me laisse penser que la comparaison V5-MyHeritage est en effet moins bruitée par rapport à la comparaison V3-MyHeritage ...

Amicalement,
E.

Ben, je ne suis plus sûr de rien.
J'ai quand même l'impression d'avoir plus perdu de cousins avérés que d'en avoir gagnés...

[eikvarnier]

Malheureusement, Myheritage ne reconnait pas cette version et ne l'accepte pas.

Vraiment bête de leur part, du coup leur apparente flexibilité est très limitée.

Malheureusement, Myheritage n'acceptera jamais ce fichier.

Même si je conçois que c'est plus simple d'avoir un "schéma" prédéfinie par "compagnie" plutôt que des gérer les listes de SNPs pouvant être totalement originales, c'est vraiment dommage surtout que vu la taille des fichiers, c'est largement gérable ...

Reste donc la solution "pédestre" de créer un template par "compagnie" (en gros faire un WGS et se générer des raw-data 23andMe-like, MyHeritage-like, ...) et faire des cross-match avec chaque kit ainsi construit et finalement de faire les recoupements à la main.

Beaucoup de boulot en somme pour un gain en signal/bruit pas forcément folichons ... quand j'aurais mon WGS d'ici 1 mois ou 2, je me lancerais peut-être dans l'opération.

Ben, je ne suis plus sûr de rien.
J'ai quand même l'impression d'avoir plus perdu de cousins avérés que d'en avoir gagnés...

Pour les cousins que tu as "perdu", entre la V3 et la V5 ça pourrait être intéressant de comparer la couverture SNP de la V5 sur les segments qui matchaient par rapport à la couverture de la V3.
C'est quand même pas mal de boulot, pour au final juste comprendre ce qui ce passe entre deux version de data.

Faudrait que je cherche le "footprint" des SNPs couvert par la V3 et par MyHeritage (j'ai la V5 avec mon propre kit 23andMe) ... voir un peu ce qui passe concrètement niveau overlap entre la V3 et la V5.

Amicalement,
E.

PS: si quelqu'un est passé par MyHeritage, ou a un test 23andMe V3, ou n'importe quelle autre compagnie. Si ce quelqu'un sait comment "vider" ses raw data (enlever les A,G,T,C en gros) ... je serais intéressé par des fichiers "vide" (sans votre ADN dedans quoi) pour juste avoir le footprint de couverture de chaque compagnie, j'ai pbrièvement cherché sur internet, rien trouvé qui semble s'en rapporcher.
Voir même, si quelqu'un est super a l'aise avec l'utilisation de ses RAW data, si il pouvait juste sortir la liste des positions génomique lues (pas ce qui a été lu, juste la "position" dans le génome de ce qui est lue) par la compagnie qu'il a utilisé, ce serait encore mieux.