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Correspondances ADN

mcousson
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Ma maman et moi avons fait un test ADN et sur les 31 correspondances ADN que Geneanet trouve à ma maman 5 (avec moi) sont des correspondances sures et avérées (pastille verte) seulement voilà, sur ses 31 correspondances j'en partage seulement 2 et encore des lointaines( pastille rouge) avec ma maman, comment est ce possible étant la fille avéré de ma mère avec qui je partage 49,7 d'ADN?, Je pensais hériter des mêmes gènes quelle, et donc avoir toutes ses correspondances, auriez-vous une explication car nous nous perdons en conjectures ? comment expliquer cette situation?
Nous avons hâte de lire vos commentaires
Cordialement
M M Le Fur

jerome4
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Bonjour,
Je dénombre 2 raisons à cela (et peut-être qu'il en existe plus):

1) La génétique ce n'est pas pareil que la généalogie!
Vous n'avez hérité que de 50% de l'ADN de votre mère, et donc, d'un autre coté, vous n'avez pas hérité de 50% de l'ADN de votre mère. L'ADN en commun entre vos cousins et votre mère peuvent faire parti de cet ADN non transmis.
Donc, des cousins généalogiques peuvent ne pas être des cousins génétiques.

2) De nombreux faux positifs dans les résultats
Dans les résultats (quelque soit le site), il y a de nombreux faux positifs. C'est à dire des segments sont dit identiques, alors qu'ils le sont que par interférence entre les deux brins d'ADN (celui du père et celui de la mère). Un phasage permettrait de les éliminer. Je l'ai fait pour mon père, et 80% des segments ont disparus! C'est donc la principal raison des faux positifs.
Votre mère a sans doute également de faux positif que vous ne pouvez pas avoir hérité.
Et vous aussi, mais qui sont différents de ceux de votre mère.
Plus un segment est long, et moins il y a de chance qu'il soit un faux positif.
C'est pour cette raison que je conseille de prendre plus en considération les correspondances avec un segment long plutôt que des correspondances avec plusieurs segments en commun mais de petites tailles.

mcousson
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Merci de votre diligence à me répondre monsieur, votre réponse éclaire d'un jour nouveau mon questionnement, puis je permettre de vous demander la procédure pour réaliser le phasage que vous avez réalisé pour votre papa, je débute dans se secteur et j'ai tout à apprendre
Cordialement
M M Le Fur

jerome4
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Il existe bien un logiciel en ligne pour faire un phasage, mais comme il ne fait pas cela correctement, je ne vais pas vous donnez le lien!

Je l'ai fait manuellement avec un tableur, mais c'est compliqué vu la grosseur des fichiers à traiter.
Open office plantait à cause de cela.
J'ai réussi avec Libre office, mais je suis incapable de vous donnez la procédure que j'ai fait car j'ai été obligé de refaire plusieurs fois pour trouver la bonne méthode.

Mais le plus compliqué je crois, ça a été de rendre le fichier compatible avec Myheritage . Car ils n'acceptent pas les fichiers phasés.
Il a fallut que je ruse pour cela. Geneanet ne semble pas avoir de problème pour cela.

Je vous donne donc le principe, pour phaser son kit avec un kit d'un parent:
Il s'agit de séparer les deux lettres que vous avez pour chaque allèle, en le mettant soit à votre père, soit à votre mère.
Pour cela, il faut donc comparer les résultats de chaque allèle entre les deux kits.
Les tableurs permettent cela en utilisant la fonction SI.

Si vous êtes AA: pas besoin de comparaison: AA(*) est pour votre père; et AA(*) pour votre mère
Si vous êtes AG et que votre mère est:
AA: donc GG(*) pour votre père, AA(*) pour votre mère
AG: dans ce cas, il est impossible de faire le phasage, il faut donc mettre AG(**).
GG: donc AA(*) pour votre père et GG(*) pour votre mère.

(*) Dans un kit phasé, on a l'équivalent d'un brin d'ADN. Mais comme un kit normal est composé de deux brins d'ADN, il faut donc rendre le kit phasé compatible avec les bases de données. On double donc la lettre.
(**) Dans le cas où on ne peut pas phaser, on laisse les deux possibilités au choix

Une fois cela fait, cela vous donne deux kits phasés.
Un paternel et un maternel, mais c'est votre kit qui a été divisé par deux.
Comme je n'ai pas testé ma mère, j'ai mis sur son compte le kit phasé. Cela représente la moitié de son ADN, mais ces correspondances ne peuvent pas être du à des faux positifs.
Ce qui lui donne 0 correspondance sur geneanet (hormis moi) et 226 correspondances sur myheritage, là où mon père (kit non phasé) en a 1712 et moi 2471!

jerome4
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Je crois aussi que Gedmatch fait les kits phasés, c'est payant (il faut un abonnement) , et je n'ai pas résussi à télécharcher le kit phasé.
On ne peut l'utiliser que sur gedmatch.

zanzigirl
zanzigirl
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Bonjour mcousson,

Votre demande ne concerne pas les Questions techniques diverses liées à Geneanet, je l'ai déplacée vers le forum Généalogie génétique, plus approprié.

Puisque vous débutez sur les forums, voici quelques conseils pour bien les utiliser :

https://www.geneanet.org/forum/viewtopi ... 9&t=617246

Cordialement
Claudine
Modératrice bénévole sans lien de subordination avec Geneanet / Volunteer moderator with no subordination to Geneanet.
https://twitter.com/Ererepublicaine ...................................................https://twitter.com/sansculotides

mcousson
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Merci monsieur pour tous ses renseignements, je pense à vous lire que parmi toutes les correspondances que nous avons maman et moi la plupart pour ne pas dire la totalité sont de faux positifs, mais je garde espoir, les français commencent à monter en puissance en recherchant leur ADN, dés que j'ai un peu de temps je vais essayer approfondir tout ça, c'est très intéressant tout en étant très complexe, seul bémol la grande majorité des personne qui ont fait le test n'on pas d'arbre ou sont masqué, impossible d'aller plus loin quel dommage...
Cordialement
M M Le Fur

swtrvng
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jerome4 escribió:
29 Junio 2020, 06:34

Ce qui lui donne 0 correspondance sur geneanet (hormis moi) et 226 correspondances sur myheritage, là où mon père (kit non phasé) en a 1712 et moi 2471!
Bonjour,
Je vais supposer que vous aviez trouvé des liens généalogiques avec des correspondances grâce au fichier originel..
Et cela du côté maternel.
Si oui, les avez vous retrouvé dans vos 226 correspondances (kit phasé)?
Avec le même pourcentage ?
Sur les mêmes chromosomes ?

Beaucoup de questions... 🙄

Bien cordialement
Éric Delamare

jerome4
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swtrvng escribió:
06 Julio 2020, 09:46
jerome4 escribió:
29 Junio 2020, 06:34

Ce qui lui donne 0 correspondance sur geneanet (hormis moi) et 226 correspondances sur myheritage, là où mon père (kit non phasé) en a 1712 et moi 2471!
Bonjour,
Je vais supposer que vous aviez trouvé des liens généalogiques avec des correspondances grâce au fichier originel..
Et cela du côté maternel.
Si oui, les avez vous retrouvé dans vos 226 correspondances (kit phasé)?
Avec le même pourcentage ?
Sur les mêmes chromosomes ?

Beaucoup de questions... 🙄

Bien cordialement
Éric Delamare

J'avais trouvé des liens généalogiques du coté maternel pour 10 cousins génétiques avec mon fichier originel.
Sur les 10, il m'en reste que 2 avec le kit phasé!
Le plus étonnant, est une cousine du 5 au 6 degré en droit canon, avec qui je partageait un segment de 34,6 cM, et également avec son fils (le même segment avec 33,9 cM).
Tout deux ont disparus avec le kit phasé!

Donc, parmi ceux qui ont disparus, il y a bien des vrais segments.
D'ailleurs, j'ai remarqué en faisant autre chose, que beaucoup de vrais segments ne se pas reconnus par myheritage.
C'est certainement à cause des seuils. Ou à cause de l'imputation qu'il pratique semble-t-il un peu trop...
Précision importante: mon kit non phasé matche avec mon kit phasé comme une relation mère-fils.
Donc, j'ai envie de croire que je n'ai pas fait d'erreur dans mon fichier de kit phasé.

Mais le pire, c'est que j'ai nouveaux cousinages avec mon kit phasé que je n'avais pas avec mon kit originel!
25 pour être précis!
Parmi ceux-là, il y a des IBP que j'avais déjà avec d'autres correspondances, mais aussi des nouveautés qui peuvent être des cousins généalogiques. Je n'ai pas eu le temps de tout vérifier.

A noter tout de même, que je n'ai pas pu envoyer le véritable kit phasé de mon coté maternel.
En effet, myheritage refuse les kits phasés. Ils sont reconnaissables par un taux anormalement élevé d'allèles homozygotes.
En effet, puisque qu'on prend qu'un brin de chromosome, on le double à l'identique pour avoir deux brins identiques et ne pas avoir d'interférence entre les deux brins d'ADN.
Pour que myheritage accepte mon fichier, j'ai donc changé quelques allèles du second brins d'ADN.
L'autre brin restant intact.
Cela dit mon kit non phasé matche avec mon kit phasé comme une relation mère-fils.
Donc, j'ai envie de croire que je n'ai pas fait d'erreur dans mon fichier de kit phasé.



Il y a aussi certainement un autre seuil dont on ne parle pas beaucoup, et qui n'est pas lié à la longueur du segment.

Avoir deux segments strictement identiques est sans doute impossible.
En effet, il existe des erreurs au labo.
Je le sais, puisque j'ai comparé mes deux fichiers ayant été testés dans des labos différents, et j'ai trouvé des différences pour certains allèles. Le taux de différence était de 0,02%. Donc, pour comparer deux segments, il faut avoir un seuil de similitude, au-dessous duquel, on ne considère plus qu'ils sont identiques.
C'est certainement à cause de ce seuil qu'on a certaine correspondance qui disparaisse ou qui apparaisse selon les kits qu'on envoie.

swtrvng
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Merci pour les informations !
Bien cordialement
Éric Delamare

mcousson
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Merci merci de toutes ses explications monsieur Jérome4 pour l'instant je suis arrêtée dans mes recherches, car l'orage que nous avons eu il y a quelques temps à laissé mon ordi dans un triste état, la box cramée !!!depuis reconstruction, réinstallation, pour l'instant il ressemble à une coquille vide,et du coup je vais sur mon ordi que quand mon mari fait une pause!
A bientôt j'espère
Bien cordialement
Mme Le Fur

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