Responder

genotype ratio

rootsgreat
male
Mensajes: 145
Árbol : Gráfico
Ver su árbol genealógico

genotype ratio

Mensaje 18 Enero 2020, 00:54

Bonsoir.
J'ai remarqué une différence assez notable par rapport au genotype ratio lors de l'usage d'Admixture Studio entre le RAW DNA DATA que j'utilisais de MyHeritage mon premier laboratoire et lors de l'usage du Raw DNA Data établit par Ancestry que j'ai obtenu il y a très peu de jours….
A savoir que globalement la différence de % est assez énorme pour le genotype ratio entre ces 2 bases de données, et les résultats par conséquent tout de même un peu plus différents. Le genotype ratio avec mon raw data d'Ancestry est largement plus élevé….SANS compter que en reversant mon raw data fait par Ancestry dans mon compte MyHeritage hormis des différences un peu notables de résultats, c'est surtout le double de correspondances ADN que j'ai obtenu par la base de données d'Ancestry! ce qui prouve qu'ils ont fait un meilleur travail de genotyping de mon ADN à contrario de MyHeritage! imaginez donc: depuis le début que je suis chez MyHeritage je suis donc passé à côté de la moitié de mes correspondances! moitié moins de correspondances en restant juste avec leur raw data établit par eux! un comble et scandale je trouve! sans compter d'autres détails mais passons....

msamuel6
male
Mensajes: 641
rootsgreat escribió:
18 Enero 2020, 00:54
Bonsoir.
J'ai remarqué une différence assez notable par rapport au genotype ratio lors de l'usage d'Admixture Studio entre le RAW DNA DATA que j'utilisais de MyHeritage mon premier laboratoire et lors de l'usage du Raw DNA Data établit par Ancestry que j'ai obtenu il y a très peu de jours….
A savoir que globalement la différence de % est assez énorme pour le genotype ratio entre ces 2 bases de données, et les résultats par conséquent tout de même un peu plus différents. Le genotype ratio avec mon raw data d'Ancestry est largement plus élevé….SANS compter que en reversant mon raw data fait par Ancestry dans mon compte MyHeritage hormis des différences un peu notables de résultats, c'est surtout le double de correspondances ADN que j'ai obtenu par la base de données d'Ancestry! ce qui prouve qu'ils ont fait un meilleur travail de genotyping de mon ADN à contrario de MyHeritage! imaginez donc: depuis le début que je suis chez MyHeritage je suis donc passé à côté de la moitié de mes correspondances! moitié moins de correspondances en restant juste avec leur raw data établit par eux! un comble et scandale je trouve! sans compter d'autres détails mais passons....
Moi à la base j'ai fait mon test chez igenea en 2017, j'ai donc le sequençage de ftdna je sais pas ce que ça vaut réellement mais je suis plutôt satisfait de pouvoir transmettre ce sequençage un peu partout. My héritage je pense que c'est vraiment le test bon marché qui se limite vraiment plus à du loisir qu'à une étude de généalogie génétique....

treb15
male
Modérateur bénévole
Mensajes: 2331
Árbol : Gráfico
Ver su árbol genealógico
rootsgreat escribió:
18 Enero 2020, 00:54
Bonsoir.
J'ai remarqué une différence assez notable par rapport au genotype ratio lors de l'usage d'Admixture Studio entre le RAW DNA DATA que j'utilisais de MyHeritage mon premier laboratoire et lors de l'usage du Raw DNA Data établit par Ancestry que j'ai obtenu il y a très peu de jours….
A savoir que globalement la différence de % est assez énorme pour le genotype ratio entre ces 2 bases de données, et les résultats par conséquent tout de même un peu plus différents. Le genotype ratio avec mon raw data d'Ancestry est largement plus élevé….SANS compter que en reversant mon raw data fait par Ancestry dans mon compte MyHeritage hormis des différences un peu notables de résultats, c'est surtout le double de correspondances ADN que j'ai obtenu par la base de données d'Ancestry! ce qui prouve qu'ils ont fait un meilleur travail de genotyping de mon ADN à contrario de MyHeritage! imaginez donc: depuis le début que je suis chez MyHeritage je suis donc passé à côté de la moitié de mes correspondances! moitié moins de correspondances en restant juste avec leur raw data établit par eux! un comble et scandale je trouve! sans compter d'autres détails mais passons....

Bonjour,

Pour vos données brutes de MyHeritage, et vis à vis de ce sujet : MyHeritage => nouveau format des données brutes, vos données sont 'elles de l'ancien format ou du nouveau :?:

Avec l'ancien format de MyHeritage :
Imagen

Après, il faut regarder au niveau de la liste exacte des SNP's.

P.S. : Ancestry ont eux aussi fait évoluer leur "chip versions"
Modérateur bénévole

:idea: Vous avez besoin d'aide, la réponse est peut-être dans un de ces articles :arrow: https://www.geneanet.org/aide/

:idea: Vous avez besoin d'aide concernant le service Geneanet ADN :arrow: https://www.geneanet.org/adn/aide/
.

jerome4
male
Mensajes: 6227
Árbol : No gráfico
Ver su árbol genealógico
rootsgreat escribió:
18 Enero 2020, 00:54
Bonsoir.
J'ai remarqué une différence assez notable par rapport au genotype ratio lors de l'usage d'Admixture Studio entre le RAW DNA DATA que j'utilisais de MyHeritage mon premier laboratoire et lors de l'usage du Raw DNA Data établit par Ancestry que j'ai obtenu il y a très peu de jours….
A savoir que globalement la différence de % est assez énorme pour le genotype ratio entre ces 2 bases de données, et les résultats par conséquent tout de même un peu plus différents. Le genotype ratio avec mon raw data d'Ancestry est largement plus élevé….SANS compter que en reversant mon raw data fait par Ancestry dans mon compte MyHeritage hormis des différences un peu notables de résultats, c'est surtout le double de correspondances ADN que j'ai obtenu par la base de données d'Ancestry! ce qui prouve qu'ils ont fait un meilleur travail de genotyping de mon ADN à contrario de MyHeritage! imaginez donc: depuis le début que je suis chez MyHeritage je suis donc passé à côté de la moitié de mes correspondances! moitié moins de correspondances en restant juste avec leur raw data établit par eux! un comble et scandale je trouve! sans compter d'autres détails mais passons....
Oui, mais attention à vos nouveaux correspondants avec le fichier ancestry!
Myheritage pratique l'imputation.
C'est à dire que lorsque deux génomes viennent de deux tests différents, beaucoup de marqueurs ne peuvent pas être comparé car ils n'ont pas été testé par les deux test.

Or, il est avéré que certaines parties de notre génome ne peuvent pas ou d'une manière assez rare être découpées lors de la méiose.
Et donc, l'imputation consiste à deviner les résultats de marqueurs qui n'ont pas été testé en fonction des marqueurs à proximité dont on connait le résultat.
La méthode n'est pas infaillible, loin de là, et donc on peut avoir de fausse correspondance, ou à l'inverse avoir de vrai correspondance non détecté.

Les correspondances les plus sûr sont forcément des correspondances entre tests similaires.
Mais vous pouvez avoir d'autres raisons qui vous donnent de fausses correspondances...

jerome4
male
Mensajes: 6227
Árbol : No gráfico
Ver su árbol genealógico
Quand au ratio genotype sur les calculateurs , il dépend de la compatibilité entre le test et le calculateur.

Donc, c'est indépendant de la qualité et de la quantité des marqueurs testés par les compagnies...

rootsgreat
male
Mensajes: 145
Árbol : Gráfico
Ver su árbol genealógico
jerome4 escribió:
18 Enero 2020, 10:23
rootsgreat escribió:
18 Enero 2020, 00:54
Bonsoir.
J'ai remarqué une différence assez notable par rapport au genotype ratio lors de l'usage d'Admixture Studio entre le RAW DNA DATA que j'utilisais de MyHeritage mon premier laboratoire et lors de l'usage du Raw DNA Data établit par Ancestry que j'ai obtenu il y a très peu de jours….
A savoir que globalement la différence de % est assez énorme pour le genotype ratio entre ces 2 bases de données, et les résultats par conséquent tout de même un peu plus différents. Le genotype ratio avec mon raw data d'Ancestry est largement plus élevé….SANS compter que en reversant mon raw data fait par Ancestry dans mon compte MyHeritage hormis des différences un peu notables de résultats, c'est surtout le double de correspondances ADN que j'ai obtenu par la base de données d'Ancestry! ce qui prouve qu'ils ont fait un meilleur travail de genotyping de mon ADN à contrario de MyHeritage! imaginez donc: depuis le début que je suis chez MyHeritage je suis donc passé à côté de la moitié de mes correspondances! moitié moins de correspondances en restant juste avec leur raw data établit par eux! un comble et scandale je trouve! sans compter d'autres détails mais passons....
Oui, mais attention à vos nouveaux correspondants avec le fichier ancestry!
Myheritage pratique l'imputation.
C'est à dire que lorsque deux génomes viennent de deux tests différents, beaucoup de marqueurs ne peuvent pas être comparé car ils n'ont pas été testé par les deux test.

Or, il est avéré que certaines parties de notre génome ne peuvent pas ou d'une manière assez rare être découpées lors de la méiose.
Et donc, l'imputation consiste à deviner les résultats de marqueurs qui n'ont pas été testé en fonction des marqueurs à proximité dont on connait le résultat.
La méthode n'est pas infaillible, loin de là, et donc on peut avoir de fausse correspondance, ou à l'inverse avoir de vrai correspondance non détecté.

Les correspondances les plus sûr sont forcément des correspondances entre tests similaires.
Mais vous pouvez avoir d'autres raisons qui vous donnent de fausses correspondances...
Bonjour.
Je me permets d'émettre des bémols sur certaines de vos affirmations comme celle relative aux correspondances ADN.
J'ai un exemple concret: avec mon raw data de MH que j'avais versé chez FTDNA j'ai vu une certaine correspondance. Cette même correspondance que je n'avais pas chez MH, néanmoins….force est de constater que avec le raw data de Ancestry que j'ai reversé chez MH cette correspondance est aussi bien apparue! Ce qui signifie qu'elle n'était pas que chez FTDNA comme je le pensais mais aussi chez MH, pourtant je ne l'avais pas en correspondance...d'ailleurs une autre chose que j'ai remarqué…:
je peux avoir de nouvelles correspondances parfois apparaissant sur un kit et pas sur l'autre dans mon compte MH, car j'ai l'impression que même si celui effectué par Ancestry est un peu plus "complet", néanmoins il y a tout de même des SNP's qui ont été traités chez MH mais pas Ancestry d'où ces nouvelles correspondances n'apparaissant pas forcément chez les 2 kits.
Sinon voici la comparaison de mes 2 raw data
Adjuntos
raw comparaison.PNG

rootsgreat
male
Mensajes: 145
Árbol : Gráfico
Ver su árbol genealógico
De même concernant les propos sur le ratio du génotypage, je ne vous rejoins pas tout à fait, j'ai un exemple de comparaison avec un résultat à partir du raw data de MH 43.72%, celui d'Ancestry 93.65% puis enfin avec un "super kit" que j'ai crée contenant 1million de SNP's qui a "fusionné" les 2 raw data permettant d'améliorer le ratio à 95.63% en K36.
Última edición por rootsgreat el 23 Enero 2020, 10:19, editado 2 veces en total.

rootsgreat
male
Mensajes: 145
Árbol : Gráfico
Ver su árbol genealógico
treb15 escribió:
18 Enero 2020, 08:49
rootsgreat escribió:
18 Enero 2020, 00:54
Bonsoir.
J'ai remarqué une différence assez notable par rapport au genotype ratio lors de l'usage d'Admixture Studio entre le RAW DNA DATA que j'utilisais de MyHeritage mon premier laboratoire et lors de l'usage du Raw DNA Data établit par Ancestry que j'ai obtenu il y a très peu de jours….
A savoir que globalement la différence de % est assez énorme pour le genotype ratio entre ces 2 bases de données, et les résultats par conséquent tout de même un peu plus différents. Le genotype ratio avec mon raw data d'Ancestry est largement plus élevé….SANS compter que en reversant mon raw data fait par Ancestry dans mon compte MyHeritage hormis des différences un peu notables de résultats, c'est surtout le double de correspondances ADN que j'ai obtenu par la base de données d'Ancestry! ce qui prouve qu'ils ont fait un meilleur travail de genotyping de mon ADN à contrario de MyHeritage! imaginez donc: depuis le début que je suis chez MyHeritage je suis donc passé à côté de la moitié de mes correspondances! moitié moins de correspondances en restant juste avec leur raw data établit par eux! un comble et scandale je trouve! sans compter d'autres détails mais passons....

Bonjour,

Pour vos données brutes de MyHeritage, et vis à vis de ce sujet : MyHeritage => nouveau format des données brutes, vos données sont 'elles de l'ancien format ou du nouveau :?:

Avec l'ancien format de MyHeritage :
Imagen

Après, il faut regarder au niveau de la liste exacte des SNP's.

P.S. : Ancestry ont eux aussi fait évoluer leur "chip versions"
Bonjour, merci pour cette indication visiblement et je m'en doutais (test vers avril) c'est le nouveau format de MH vu le nombre de SNP's.

jerome4
male
Mensajes: 6227
Árbol : No gráfico
Ver su árbol genealógico
rootsgreat escribió:
18 Enero 2020, 11:57
jerome4 escribió:
18 Enero 2020, 10:23
rootsgreat escribió:
18 Enero 2020, 00:54
Bonsoir.
J'ai remarqué une différence assez notable par rapport au genotype ratio lors de l'usage d'Admixture Studio entre le RAW DNA DATA que j'utilisais de MyHeritage mon premier laboratoire et lors de l'usage du Raw DNA Data établit par Ancestry que j'ai obtenu il y a très peu de jours….
A savoir que globalement la différence de % est assez énorme pour le genotype ratio entre ces 2 bases de données, et les résultats par conséquent tout de même un peu plus différents. Le genotype ratio avec mon raw data d'Ancestry est largement plus élevé….SANS compter que en reversant mon raw data fait par Ancestry dans mon compte MyHeritage hormis des différences un peu notables de résultats, c'est surtout le double de correspondances ADN que j'ai obtenu par la base de données d'Ancestry! ce qui prouve qu'ils ont fait un meilleur travail de genotyping de mon ADN à contrario de MyHeritage! imaginez donc: depuis le début que je suis chez MyHeritage je suis donc passé à côté de la moitié de mes correspondances! moitié moins de correspondances en restant juste avec leur raw data établit par eux! un comble et scandale je trouve! sans compter d'autres détails mais passons....
Oui, mais attention à vos nouveaux correspondants avec le fichier ancestry!
Myheritage pratique l'imputation.
C'est à dire que lorsque deux génomes viennent de deux tests différents, beaucoup de marqueurs ne peuvent pas être comparé car ils n'ont pas été testé par les deux test.

Or, il est avéré que certaines parties de notre génome ne peuvent pas ou d'une manière assez rare être découpées lors de la méiose.
Et donc, l'imputation consiste à deviner les résultats de marqueurs qui n'ont pas été testé en fonction des marqueurs à proximité dont on connait le résultat.
La méthode n'est pas infaillible, loin de là, et donc on peut avoir de fausse correspondance, ou à l'inverse avoir de vrai correspondance non détecté.

Les correspondances les plus sûr sont forcément des correspondances entre tests similaires.
Mais vous pouvez avoir d'autres raisons qui vous donnent de fausses correspondances...
Bonjour.
Je me permets d'émettre des bémols sur certaines de vos affirmations comme celle relative aux correspondances ADN.
J'ai un exemple concret: avec mon raw data de MH que j'avais versé chez FTDNA j'ai vu une certaine correspondance. Cette même correspondance que je n'avais pas chez MH, néanmoins….force est de constater que avec le raw data de Ancestry que j'ai reversé chez MH cette correspondance est aussi bien apparue! Ce qui signifie qu'elle n'était pas que chez FTDNA comme je le pensais mais aussi chez MH, pourtant je ne l'avais pas en correspondance...d'ailleurs une autre chose que j'ai remarqué…:
je peux avoir de nouvelles correspondances parfois apparaissant sur un kit et pas sur l'autre dans mon compte MH, car j'ai l'impression que même si celui effectué par Ancestry est un peu plus "complet", néanmoins il y a tout de même des SNP's qui ont été traités chez MH mais pas Ancestry d'où ces nouvelles correspondances n'apparaissant pas forcément chez les 2 kits.
Sinon voici la comparaison de mes 2 raw data
Donc si je vous suis bien:
1 test my heritage --> FTDNA (1 correspondance sur FTDNA)
1 test sur ancestry -- > My heritage (la même correspondance)

Il est serait intéressant de savoir quel est le test de votre correspondance ...

L'explication:
Cette personne n'est pas une correspondance car FTDNA impute aussi (mais pas autant que myheritage).
Les marqueurs testés par myheritage doivent donc être déterminant pour affirmer que ce n'est pas une correspondance.

Apparemment, ni FTDNA ni Ancestry ne teste ce ou ces marqueurs déterminants, et en imputation, ils imputent sans doute la mauvaise allèle...

Je vois ça comme ça, mais en tout cas cela ne me semble pas contraire à ce que je vous ai répondu.
Et je n'invente rien.
Essayez de comparer le nombre de SNP sur ce même segment. Vous allez avoir des différences...

jerome4
male
Mensajes: 6227
Árbol : No gráfico
Ver su árbol genealógico
rootsgreat escribió:
18 Enero 2020, 12:04
De même concernant les propos sur le ratio du génotypage, je ne vous rejoins pas tout à fait, voici 1 exemple de comparaison avec un résultat à partir du raw data de MH, celui d'Ancestry puis enfin avec un "super kit" que j'ai crée contenant 1million de SNP's qui a "fusionné" les 2 raw data permettant d'améliorer le ratio; voyez par vous même ici à partir du K36
Vous n'avez pas compris ce que j'ai essayé de vous expliquer...
Bon pas grave...

jerome4
male
Mensajes: 6227
Árbol : No gráfico
Ver su árbol genealógico
Sur les imputations, j'ai un exemple.

J'ai une cousine qui a fait un test sur FTDNA, et moi sur 23andMe.
J'ai envoyé mon fichier sur FTDNA, myheritage et gedmatch
Elle, a envoyé son fichier sur myheritage et gedmatch.

J'ai donc 3 correspondances dans genome mate pro:
la première, c'est myheritage, la deuxième, c'est FTDNA, et la troisième, c'est gedmatch.
Regardez la différence dans le nombre de SNPs!
imput.png
Myheritage impute beaucoup
FTDNA un peu
Gedmatch pas du tout.

Ne pas "imputer" n'est pas forcément mieux. Car s'il manque trop de SNPs à comparer, cela peut aller au-dessous du seuil de tolérance, et donc passer à coter de correspondance pouvant être énorme..

Il y a des avantages et des inconvénients

rootsgreat
male
Mensajes: 145
Árbol : Gráfico
Ver su árbol genealógico
jerome4 escribió:
18 Enero 2020, 12:27
rootsgreat escribió:
18 Enero 2020, 12:04
De même concernant les propos sur le ratio du génotypage, je ne vous rejoins pas tout à fait, voici 1 exemple de comparaison avec un résultat à partir du raw data de MH, celui d'Ancestry puis enfin avec un "super kit" que j'ai crée contenant 1million de SNP's qui a "fusionné" les 2 raw data permettant d'améliorer le ratio; voyez par vous même ici à partir du K36
Vous n'avez pas compris ce que j'ai essayé de vous expliquer...
Bon pas grave...
D'accord, en tout cas si le nombre de SNP's diffère légèrement entre mon data de MH et Ancestry ce qui ne peut expliquer cette large différence de ratio, par conséquent pour moi il est évident ici que la qualité de celui d'Ancestry est supérieure vu le ratio.
Merci, j'essaierai de regarder ce que vous m'avez dit concernant cette correspondance ADN.

jerome4
male
Mensajes: 6227
Árbol : No gráfico
Ver su árbol genealógico
rootsgreat escribió:
18 Enero 2020, 12:39
jerome4 escribió:
18 Enero 2020, 12:27
rootsgreat escribió:
18 Enero 2020, 12:04
De même concernant les propos sur le ratio du génotypage, je ne vous rejoins pas tout à fait, voici 1 exemple de comparaison avec un résultat à partir du raw data de MH, celui d'Ancestry puis enfin avec un "super kit" que j'ai crée contenant 1million de SNP's qui a "fusionné" les 2 raw data permettant d'améliorer le ratio; voyez par vous même ici à partir du K36
Vous n'avez pas compris ce que j'ai essayé de vous expliquer...
Bon pas grave...
D'accord, en tout cas si le nombre de SNP's diffère légèrement entre mon data de MH et Ancestry, par conséquent pour moi il est évident ici que la qualité de celui d'Ancestry est supérieure vu le ratio.
Merci, j'essaierai de regarder ce que vous m'avez dit concernant cette correspondance ADN.
Les calculateurs utilisent certains marqueurs ADN bien déterminés.
Myheritage n'est pas censé devoir tester les mêmes marqueurs pour qu'un programme réalisé par des amateurs passionnés soient compatible!

Myheritage teste d'autres marqueurs, non utilisés par les calculateurs... Comme 23andMe, LivingDNA ect...

msamuel6
male
Mensajes: 641
rootsgreat escribió:
18 Enero 2020, 12:04
De même concernant les propos sur le ratio du génotypage, je ne vous rejoins pas tout à fait, voici 1 exemple de comparaison avec un résultat à partir du raw data de MH, celui d'Ancestry puis enfin avec un "super kit" que j'ai crée contenant 1million de SNP's qui a "fusionné" les 2 raw data permettant d'améliorer le ratio; voyez par vous même ici à partir du K36
A oui, d'un kit à l'autre on a quand même de sacré différences mais je suis pas sure que l'oracle ancien du k36 soit fiable car ils utilisent des pops de différentes époques.. En revanche sur les oracles utilisant des pop récentes, les résultats sont plutôt pas mal comme par exemple pour le eutest ou le jtest.

rootsgreat
male
Mensajes: 145
Árbol : Gráfico
Ver su árbol genealógico
msamuel6 escribió:
18 Enero 2020, 13:10
rootsgreat escribió:
18 Enero 2020, 12:04
De même concernant les propos sur le ratio du génotypage, je ne vous rejoins pas tout à fait, voici 1 exemple de comparaison avec un résultat à partir du raw data de MH, celui d'Ancestry puis enfin avec un "super kit" que j'ai crée contenant 1million de SNP's qui a "fusionné" les 2 raw data permettant d'améliorer le ratio; voyez par vous même ici à partir du K36
A oui, d'un kit à l'autre on a quand même de sacré différences mais je suis pas sure que l'oracle ancien du k36 soit fiable car ils utilisent des pops de différentes époques.. En revanche sur les oracles utilisant des pop récentes, les résultats sont plutôt pas mal comme par exemple pour le eutest ou le jtest.
Bonjour, oui mais je n'ai mis cela que comme exemple pour le ratio surtout et la différence pour les résultats des composantes, non pas pour le break down en anciennes populations qui bien qu'intéressant a un caractère disons plus ludique vu que les populations anciennes et actuelles sont différentes.
Après il y a peu de différence en ratio et % composantes entre le kit d'Ancestry et le "super kit" que j'ai fait qui intègre aussi celui de MH dans ce qui est manquant.
Par contre que ce soit la comparaison superkit/MH ou ancestry/MH c'est assez impressionnant pour les résultats du ratio et des composantes.

Responder

Volver a “Généalogie génétique”